Η βαθύτερη έννοια του Zen είναι να επιτύχει κάνεις την ανθρώπινη φώτιση, μέσα από την ανακάλυψη του εαυτού του.
Στην φιλοσοφία του Zen και του Zen Shiatsu αντιμετωπίζουμε κάτι που δεν μπορεί να εξηγηθεί λογικά, αλλά θα πρέπει να βιωθεί από το ζωντανό σώμα. Για το Zen Shiatsu η διαίσθηση του ασκούντος και η σύνδεση του με την ενέργεια του δέκτη, θεωρείται ζωτικής σημασιάς.
Επειδή οι απαντήσεις στο Zen δεν μπορούν να κατανοηθούν μέσω του νού, θεωρείται πιθανό να κατανοηθούν μέσω διαλογισμού. Ξεκινάει με τον διαλογισμό, αλλά δεν είναι ξεκάθαρο γιατί καθόμαστε να διαλογιστούμε. Το ίδιο ισχύει και με το Zen Shiatsu, ξεκινάει με την διείσδυση των δακτύλων, αλλά είναι δύσκολο να εξηγήσει κανείς γιατί διεισδύοντας στα βελονιστικά σημεία μπόρει κάποιος να θεραπευτεί. Απαντήσεις μπορεί να έρθουν μόνο μέσα από τον σεβασμό για τα μυστήρια της ζωής.
Στο Zen είναι σημαντικό να έχεις καλό δάσκαλο για να το διδαχθείς . Στο Zen Shiatsu ο δέκτης είναι ο δάσκαλος. Ο ασκών μπορεί να πετύχει την ανθρώπινη φώτιση κινώντας την ενέργεια και αποκαθιστώντας την υγεία. Ο καθηγητής Koji Sato αναφέρει ότι το Zen Shiatsu ειναι ένα είδος, man to man Zen.
Το Zen υπάρχει στην μη δυαδικότητα. Ζει μέσα στις άπειρες πιθανότητες και στο απεριόριστο. Εκεί o διαχωρισμός και η σύγκριση απουσιάζουν. Το ίδιο και οι μεσημβρινοί με τις προεκτάσεις τους. Δεν υπάρχουν αντικειμενικά και πραγματιστικά. Δεν μπορούν να ιδωθούν σαν φυσικά υλικά τμήματα στο ανθρώπινο σώμα. Μόνο μέσω μιας κατάστασης της καρδιάς, που μας εισάγει στον κόσμο της μη δυαδικότητας μπορεί να γίνει η διάγνωση μεσημβρινών δυνατή.
Ο μυημένος προσεγγίζει το Zen μέσω του διαλογισμού, που είναι και η πιο ουσιαστική ατραπός, διοτί δεν μπορεί να πετύχει τον τελικό του σκοπό χωρις εκπαίδευση του νου. Καλείται να συγχωνέυσει την ζωτική ενέργεια του σώματος του με την κοσμική ενέργεια του σύμπαντος σε μια οργανική ενότητα. Αναλαμβάνει να είναι προσηλωμένος σε οτιδήποτε εκτελεί, έχοντας απόλυτη επίγνωση της στιγμής.
Ο ασκών του Zen Shiatsu συνδυάζει την συμπαντική τάξη της φύσης, με την ηθική του ανθρώπινου γένους. Αυτός είναι ο στόχος του και ο σκοπός του. Η επίγνωση του εαυτού του σε σχέση με τους σύμπαντικους νόμους. Αναλαμβάνει να γίνει η δύναμη, που λειτουργία της είναι να συνδέει το σύμπαν , την γη και τον άνθρωπο.